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由於靈芝在傳統與科學上的優越價值，以及神話般的性格，加上市場需求，常有同科不同種的其他真菌偽品，如樹舌、層疊樹舌、紅緣層孔、甚至有毒的烏芝等混充於市。使用者可依據下列方法判別赤芝子實體：
1.形狀：
中國古代吉祥物中唯一存在的實物『如意』，亦即如意型靈芝；是大型真菌界中的無褶菌類，子實體頭蓋部分呈腎形或半圓形，質地堅韌，孢子被包覆其中而不外露。
2.大小厚薄：
大小依栽種生長期間不等，若依最佳生物活性採收期，一般栽培四至六月通常大小可達到20×12公分上下，厚達約1.5～2.5公分。
3.顏色：
赤芝子實體外側呈黃褐色到紅褐色；內側下表面則由眾多的淡米色小菌管組成
（剛採收新鮮未乾燥時為淡白色，經乾燥過後會加深其顏色成淡米黃色），管口呈淡黃褐色；頭蓋一側生有菌柄，長短直徑不一，呈紫紅褐色。）
4.特徵：
靈芝英文屬名字義為『亮皮』，其外側上表殼堅硬有光澤，有環狀稜紋及輻射狀皺紋，邊緣薄且多數向內捲曲；內側下表層的小菌管一般為0.4～0.5毫米，內含細微顆粒的孢子；菌柄中空但質地堅硬，光滑潤澤似漆。
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※注意：若孢子已經散盡，或靈芝已經死亡，則下表層會呈現暗褐色，經乾燥後下表呈現深褐色或黑色，其活性成份低且欠缺應用價值，是為劣等品。
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